Da última doença de Bach pouco se sabe, exceto que durou vários meses e o impediu de terminar “A Arte da Fuga”. Sua constituição foi prejudicada por duas operações oculares malsucedidas, realizadas por John Taylor, o charlatão itinerante inglês que incluiu Handel entre seus outros fracassos. Bach morreu em 28 de julho de 1750, em Leipzig.

Haydn, professor de Mozart e Beethoven, tinha 18 anos quando Bach morreu, Mozart iria nascer seis anos depois, e Beethoven, vinte. Seus empregadores procederam com alívio à nomeação de um sucessor. O burgomestre Stieglitz observou: “A escola precisa de um cantor, não de um diretor musical — embora ele certamente deva entender de música”.

Anna Magdalena ficou em situação grave. Por alguma razão, seus enteados não fizeram nada para ajudá-la, e seus próprios filhos eram jovens demais para fazê-lo. Ela morreu em 27 de fevereiro de 1760 e teve um funeral de indigente.

Por mais inacabada que estivesse, “A Arte da Fuga” foi publicada em 1751. Atraiu pouca atenção e foi reeditada em 1752 com um prefácio elogioso de Friedrich Wilhelm Marpurg, um conhecido músico berlinense que mais tarde se tornou diretor da loteria real. Apesar de Marpurg e de alguns comentários apreciativos de Johann Mattheson — o influente crítico e compositor de Hamburgo —, apenas cerca de 30 cópias haviam sido vendidas em 1756, quando Emanuel Bach colocou as placas à venda. Pelo que se sabe, foram vendidas como sucata. 

Emanuel Bach e o organista-compositor Johann Friedrich Agricol (aluno de Sebastian) escreveram um obituário; Mizler acrescentou algumas palavras finais e publicou o resultado no jornal de sua sociedade (1754). Há uma tradução em inglês no “The Bach Reader”. Embora incompleto e impreciso, o obituário é de grande importância como fonte de informação em primeira mão.

Bach parece ter sido um bom marido e pai. Na verdade, ele era pai de 20 filhos, dos quais apenas 10 sobreviveram até a maturidade. Há evidências divertidas de uma certa parcimônia — uma virtude necessária, pois ele nunca foi mais do que moderadamente abastado e deleitava-se com a hospitalidade . Vivendo como vivia numa época em que a música começava a ser considerada, não uma ocupação para um cavalheiro, ele ocasionalmente tinha que defender os seus direitos tanto como homem assim como músico; ele estava então obstinado ao extremo. Mas, nenhum empregador solidário teve problemas com Bach e com seus colegas profissionais; ele era modesto e amigável.

Ele também foi um bom professor e, desde os tempos de Muhlhausen, nunca ficou sem alunos. Durante cerca de 50 anos após a morte de Bach, a sua música foi negligenciada. Isso era natural. Na época de Haydn e Mozart , não se poderia esperar que ninguém se interessasse muito por um compositor que foi considerado antiquado mesmo em vida — especialmente porque sua música não estava prontamente disponível, e metade dela (as cantatas da igreja) estava rapidamente se tornando inútil como resultado de mudanças no pensamento religioso.

Ao mesmo tempo, os músicos do final do século XVIII não eram tão ignorantes da música de Bach nem tão insensíveis à sua influência como sugeriram alguns autores modernos. A dívida de Emanuel Bach para com seu pai era considerável, e Bach exerceu uma influência profunda e reconhecida diretamente sobre Haydn, Mozart e Beethoven.

Depois de 1800, o renascimento da música de Bach ganhou impulso. O escritor alemão Johann Nikolaus Forkel publicou um estudo sobre a vida e a arte de Bach em 1802, e atuou como conselheiro dos editores Hoffmeister e Kuhnel, cuja edição coletada, iniciada em 1801, foi interrompida pelas atividades de Napoleão . Em 1829, uma seleção representativa de música para teclado ainda estava disponível, embora muito poucas obras vocais tenham sido publicadas. Mas, naquele ano o músico alemão Eduard Devrient e o compositor alemão Felix Mendelssohn deram o próximo passo com a apresentação centenária da “Paixão de São Mateus”. Essa e a “Paixão de São João” foram publicadas em 1830; seguiu-se a missa em si menor.

A editora de Leipzig Peters iniciou uma edição coletada de obras instrumentais e de “piano” em 1837; as obras de órgão seguiram em 1844-52. Em retrospectiva, o renascimento de Bach, que remonta a 1800, pode ser reconhecido como o primeiro exemplo conspícuo da exumação deliberada da música antiga, acompanhada por estudos biográficos e críticos. O renascimento também serviu de inspiração e modelo para trabalhos subsequentes de tipo semelhante.

Entre as obras biográficas e críticas sobre Bach, a mais importante foi o monumental estudo Johann “Sebastian Bach, 2 vol.” (1873-80), do musicólogo alemão Philipp Spitta , cobrindo não apenas a vida e a obra de Bach, mas também uma boa parte do contexto histórico. Embora errado em muitos detalhes, o livro ainda é indispensável ao estudante de Bach.