Pela primeira vez na história, o Goytacaz vai disputar a quarta divisão do Campeonato Estadual. Apenas quatro anos após o histórico acesso à Seletiva da Série A, o rebaixamento foi decretado na tarde de quarta-feira (17), com a derrota de virada para o Sete de Abril, por 2 a 1, pela última rodada da Terceirona. A partida aconteceu em Campos, com presença da torcida alvianil no Aryzão, o que não acontecia desde o início da pandemia da Covid-19. Esta foi a terceira queda do Goyta em três anos.

Sidão fez o gol do Goyta com menos de um minuto de jogo. Mas, na segunda etapa, Hugo Santos e Ruan Rafael garantiram a vitória ao Sete de Abril, que se livrou da queda e ainda garantiu vaga na semifinal do segundo turno. Quando a partida ainda estava 1 a 0, a torcida alvianil reclamou de um possível gol não validado, num lance em que a arbitragem entendeu que a bola não cruzou a linha.

Além das lágrimas pelo rebaixamento, alguns torcedores protestaram ao final do jogo.

2017 — Treinado por Paulo Henrique, Goytacaz conquista acesso à Série A do Campeonato Estadual após 25 anos, com vitória sobre o arquirrival Americano. De quebra, é campeão da segunda divisão, sobre o America, coroando sucesso da parceria com a empresa Trivella. Já em dezembro, clube inicia disputa da Seletiva da primeira divisão.

2018 — Goytacaz não consegue vaga nas Taças Guanabara e Rio, mas se mantém na Seletiva da Série A para o ano seguinte. Na Copa Rio, é eliminado pelo Itaboraí nas oitavas de final. Athirson é contratado para substituir Paulo Henrique, que assume a função de coordenador de futebol.

2019.1 — Athirson é demitido após um empate (com o Americano) e duas derrotas. Então gerente de futebol, Flávio Lopes assume como técnico, mas não consegue fazer o Goyta passar da Seletiva e também é demitido, com quatro derrotas. Paulo Henrique reassume a função de treinador no jogo do rebaixamento à segunda divisão, com derrota de virada para o Macaé, por 2 a 1. Após a competição, Paulo Henrique deixa o clube. Também chega ao fim a parceria com a Trivella.

2019.2 — Goytacaz contrata o técnico João Carlos Ângelo. Com boa campanha, clube é ameaçado de afastamento do campeonato por dívida de aproximadamente R$ 50 mil com a federação estadual (Ferj). Presidente do Conselho Deliberativo, Rodolfo Laterça renuncia ao cargo alegando falta de transparência da diretoria. Ferj faz acordo com o Goyta, que, mesmo tendo atrasos salariais durante a campanha, chega à fase semifinal geral, mas não conquista o acesso. João Carlos Ângelo deixa o clube. Em outubro, é iniciada parceria com a G7 Football Investment, que tem como um dos sócios o ex-jogador Bebeto.

2020.2 — Lucho Nizzo é escolhido como técnico, mas acaba demitido com uma vitória, um empate e duas derrotas. Supervisor Rodrigo Nunes e auxiliar Flávio Medina assumem o cargo interinamente na reta final do primeiro turno. Para o returno, Cleimar Rocha é anunciado como treinador. Em partida contra o Serra Macaense, Pepeu é escalado após fim de contrato e antes da publicação do novo, sem o seu nome constar no Boletim Informativo de Registro de Atletas (Bira). Caso vai à justiça desportiva.

2021.1 — Mandato de Dartagnan Fernandes na presidência é prorrogado até 2023. Goytacaz não vai bem no returno da Segundona, mas consegue evitar rebaixamento no campo. Entretanto, é condenado pelo Superior Tribunal de Justiça Desportiva (STJD) a perder seis pontos pela escalação irregular de Pepeu, caindo para a terceira divisão. Clube encerra parceria com a G7, que inicialmente previa a gestão do futebol alvianil por 10 anos. Dartagnan Fernandes cita quebra contratual e alega que empresa teve culpa no caso Pepeu. Diretor da G7, Alexey Dantas diz que gestão era compartilhada e que, no entendimento da empresa, Pepeu não atuou irregularmente.

2021.2 — Osmar Coaracy é anunciado como técnico, mas acaba demitido ainda na pré-temporada, depois de quebra de parceria entre clube e nova empresa. O mesmo acontece com o seu substituto, Jorge Bug. Goytacaz estreia na terceira divisão sob comando de Júnior Gomes, demitido após três jogos. Danilo Fiúza chega para ser o quarto técnico em menos de dois meses, durando apenas duas partidas. Em agosto, juiz da 4ª Vara do Trabalho de Campos determina leilão do estádio Ary de Oliveira e Souza, em razão de processo movido por ex-funcionário. Caso ainda não transitou em julgado. No final de setembro, presidente Dartagnan Fernandes diz à Folha FM 98,3 que deixará a presidência em dezembro, tendo como objetivo anterior formular um projeto de transformação em clube-empresa. Em outubro, Dartagnan tira licença do cargo por 45 dias, alegando necessidade de tratamento de saúde. Então presidente do Conselho Deliberativo, Antônio Carlos Soares assume interinamente e contrata o técnico Luciano Lamoglia. Apesar de evolução no segundo turno, Goyta é rebaixado à quarta divisão pela primeira vez na história.