Embora Liszt tenha escrito uma série de obras para piano, vozes e orquestra, sua produção apenas para orquestra começou realmente em Weimar, onde ele tinha uma à sua disposição constante, composta por alguns músicos muito bons, coisa que a gente já não consegue hoje. Ele assumiu muitos riscos e, durante um período de doze anos, conduziu muito repertório novo ou controverso, especialmente no teatro de ópera. Ao longo desses anos, ele revisou grande parte de sua música para piano anterior, reeditando as obras. Ele também reformulou muitas de suas canções anteriores e, ao final do seu mandato em Weimar, publicou sessenta delas. Esse período também testemunhou a composição da monumental "Sonata em sol menor" e as duas sinfonias magistrais, uma inspirada no "Faust" de Goethe e a outra na "Divina Comedia", de Dante.

Em todos esses trabalhos, Liszt buscou novas estruturas que estendessem a vida profissional da forma sonata, estilo que dominava a maioria das músicas instrumentais de larga escala. Ele também anteviu uma nova música para a Igreja e, apesar de seus detratores, escreveu uma excelente missa orquestral: "Missa solennis e dois Salmos com orquestra", além de vários outros motivos modestos. Também começou sua vida de professor, e seus alunos eram músicos de primeira linha, como Tausig, Von Bülow e Reubke. Liszt tornou-se mentor e fornecedor de muitos músicos mais jovens que chegaram a Weimar, e, como sempre, desde que esse relacionamento profissional começou, continuaram a subsidiar Wagner.

A vida doméstica de Liszt em Weimar era bastante difícil: a princesa Carolyne permaneceu na Rússia casada com o marido, que era um grande amigo do czar Nicholas I. A irmã do czar, a grã-duquesa Maria Pavlovna, era amiga íntima da corte do grão-duque de Weimar, que era o empregador de Liszt. No final do período de Weimar, Liszt começou a trabalhar em seus dois grandes oratórios: "St. Elizabeth" e "Christus", e estes, juntamente com peças importantes como o "Zwei Episoden aus Lenaus Faust", os "Légendes", as variações "Weinen", "Klagen" e os "Trois Odes funèbres" foram suas principais realizações como compositor nos anos que se seguiram.

Ele também escreveu mais música de igreja, incluindo a delicada "Missa choralis" e a intrigantemente nacionalista "Missa coronationalis", obras para órgão, peças e transcrições mais curtas para piano. Liszt preparou a edição definitiva de suas versões solo para piano de todas as nove sinfonias de Beethoven. Ele recebeu ordens menores na igreja, usava túnicas franciscanas, foi chamado apropriadamente de Abbé Liszt, viajando quase anualmente pelo resto de sua vida a Roma, Weimar e Budapeste, aparecendo ocasionalmente como regente, com muito menos frequência como pianista, mas quase sempre como professor e benfeitor. E, provavelmente, agiu durante toda essa rodada interminável como uma espécie de emissário para o Vaticano. Os trabalhos de seus últimos anos são de interesse muito especial: tendo sido um pioneiro avant-garde da nova visão romântica — compartilhada com Wagner e Bruckner, entre outros. Muitos de seus últimos trabalhos eram conhecidos apenas por poucos, e alguns tiveram sua publicação negada, de tão ousados que foram considerados — entre os quais, seu tratamento musical único das Estações da Cruz: "Via Crucis". Um poema sinfônico tardio — "Do berço ao túmulo" - e a Segunda valsa de Mephisto completam sua obra orquestral, e há bastante corpo de música coral, vocal e de câmara tardia, muito do que permanece virtualmente desconhecido, incluindo outro oratório inacabado: "São Estanislau".

As peças de piano tardias, por outro lado, têm notoriedade desde que foram efetivamente redescobertas na década de 1950: o terceiro livro dos Années, a suíte "Christmas Tree" e os retratos históricos húngaros. Liszt morreu em Bayreuth em 1886, em grande parte devido à maneira vergonhosa com que ele foi tratado por sua filha Cosima, de quem ele esteve praticamente afastado nos últimos vinte anos de sua vida, e a quem ele foi ajudar no festival inaugurado por seu genro, Wagner. A influência artística de Liszt sobre seus contemporâneos e sucessores é incalculável: Wagner, Bruckner, Tchaikovsky, Borodin, Smetana, Franck, Grieg, Fauré, Strauss, Mahler, Debussy, Ravel, Reger, Skryabin, Schoenberg, Bartók e até Brahms, Verdi e Brahms.