A Secretaria de Ambiente e Sustentabilidade de Macaé é responsável por três Áreas de Proteção Ambiental (APA): do Sana, do Arquipélago de Sant’Anna e do Morro de Sant’Anna. Elas têm como objetivo básico proteger a diversidade biológica, disciplinar o processo de ocupação e assegurar a sustentabilidade do uso dos recursos naturais.

O Conselho Gestor do Sana é o Sanapa e o do Arquipélago e do Morro de Sant’Anna é o Conselho Municipal do Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável (Commads). Seus colegiados têm atribuições consultivas (antes de realizar quaisquer ações nessas áreas o poder público deve consultar os conselhos), normativas (poder de instituir normas como resoluções de uso, por exemplo) e deliberativas (decidem tudo que se refere às áreas de sua abrangência).

O Sanapa é constituído atualmente por 13 instituições. Até o final do ano de 2017 haverá eleições para definir seus participantes por mais dois anos. A Área de Proteção Ambiental do Sana foi instituída pela Lei 2172/2000. Compreende todo o distrito do Sana (15,7 hectares). É fruto de interesse da própria comunidade, cuja intenção principal é conservar a Mata Atlântica e os atributos naturais, como as cachoeiras da região.

Criada pela Lei 1216/1989, a APA do Arquipélago de Sant’Anna é marítima. Atividades como mutirões de limpeza e seu uso e ordenamento — desenvolvido junto com a Secretaria de Turismo e a Capitania dos Portos — são tratadas com esse conselho e a Secretaria de Ambiente. Já a APA do Morro de Sant’Anna fica no bairro Jardim Pinheiro. Não tem área definida ainda. Foi instituída pela Lei 1463/1993.

A Área de Proteção Ambiental (APA) é uma extensa área natural destinada à proteção e conservação dos atributos bióticos (fauna e flora), estéticos ou culturais ali existentes, importantes para a qualidade de vida da população local e para a proteção dos ecossistemas regionais. O objetivo principal de uma APA é a conservação de processos naturais e da biodiversidade, através da orientação, do desenvolvimento e da adequação das várias atividades humanas às características ambientais da área.

Como unidade de conservação da categoria uso sustentável, a APA permite a ocupação humana, conciliada com o uso sustentável dos seus recursos naturais. A ideia do desenvolvimento sustentável direciona toda e qualquer atividade a ser realizada na área.

APAs podem ser estabelecidas em áreas de domínio público ou privado, pela União, Estados ou municípios, sem a necessidade de desapropriação das terras privadas. No entanto, as atividades e usos desenvolvidos nestas estão sujeitos a regras específicas. As condições para a realização de pesquisas científicas e a visitação pública nas áreas sob domínio público serão estabelecidas pelo órgão gestor da unidade, enquanto nas propriedade privadas, cabe ao proprietário estabelecer as condições para pesquisa e visitação pelo público, observadas as exigências e restrições legais.